Даже и не знаю чем помочь (такая достаточно противоречивая картина).
Сергей , без обид - Вы владелец или ремонтник и как давно именно этот трактор в поле Вашего зрения ?
Просто при первом прочтении достаточно странная картина , ну например это :
Цитата sergtaman (

)
есть ошибка по моменту впрыска - и почему то не проходит калибровка на нее. фото ошибки приложу (261-13)
261-13 Engine Timing Calibration - оно ?
Стоит понимать что для выполнения калибровки необходим специальный дилерский комплект (очень коротко : заворачиваете дополнительный датчик из комплекта , подсоединяете его переходным жгутом из комплекта + ещё изрядно моментов - только после этого выполняется калибровка) , т.е просто "нажал-оно и откалибровалось" не прокатит.
Цитата sergtaman (

)
Следующая ошибка появляется при поднятии оборотов по топливу ( в текущих параметрах пропадает показания с датчика давления топлива после подкачивающего насоса, думал либо сам датчик либо действительно давление ( подключил механический - показал 6-8 очков, в принципе как и электронный, но электронный после 7,5 перестает показывать давление... и вываливается ошибка.
Тут вообще может быть очень изрядно причин , как минимум - сигнал с датчика промеряли ?
Цитата sergtaman (

)
И еще вопрос, на двигателе написано 425 лошадей, а в блоке управления в районе 340-360 прошивка, возможно ее перешить и чем?
Дилерским CatComm + дилерским софтом + дилерскими файлами. При неудаче положите блок так что даже не заведёте , ценник на поднятие такого "трупика" будет уже конским.
Цитата sergtaman (

)
Форсунки проверялись и ремонтировались в бош сервисе в МСК совсем недавно.
Что с ними было не так и с каких пор широкопрофильные сервисы так влёгкую ремонтируют топливную аппаратуру Cat ?
Цитата sergtaman (

)
после замены ЭБУ. ( где то на 15 тыс мч сломался старый блок управления) заменили на новый.
Новый ЕСМ покупался уже залитый под ваш конкретный трактор и Ваш конкретный ДВС ?
В общем я бы и рад помочь - но боюсь как бы Вы потом не прокляли всё на свете в том числе и тот миг когда решили своими силами и инструментами отремонтировать этот трактор.
К специализирующимся на Caterpillar и имеющим всё для ремонта совсем никак ?